Eliminar líneas duplicadas con Notepad++

Necesito eliminar líneas duplicadas de un archivo de texto. Si no me importa el orden de las líneas en el archivo, puedo usar el método descrito en esta entrada.
En cambio, si el orden es relevante, necesitaré usar este método, que utiliza expresiones regulares:

1. Abrir el menú Buscar --> Reemplazar...
2. Marcar las opciones "Buscar en todo en documento", "Expresión regular" y ". se ajusta a línea"
3. Reemplazar con la cadena vacía exactamente lo siguiente:
   

   ^(.*?)$\s+?^(?=.*^\1$)

El truco lo he sacado de este hilo de stackoverflow, pero allí hay gente que dice que no le funciona y aportan otras soluciones. A mí si que me ha funcionado en las pruebas que he hecho.

Procesado simple de archivos de texto con Notepad++

En el trabajo tengo windows como sistema operativo, y utilizo Notepad++ para la edición de archivos de texto plano.
El caso es que tenía varios listados de cientos de registros, y tenía que realizar unas operaciones sencillas. A saber:

1. Añadir un texto fijo al principio de cada línea.
2. Eliminar los espacios en blanco al final de cada línea.
3. Ordenar todas las líneas.
4. Eliminar las líneas duplicadas.

Para ello, he instalado el plugin TextFX desde el menú Plugins / Plugin Manager / Show Plugin Manager / Available / TextFX Characters / Install.

Una vez instalado, aparece el menú TextFX, en el que hago lo siguiente:

1. Selecciono el documento entero (Ctrl + A).
2. Copio el texto que quiero insertar al principio de cada línea y voy al menú: TextFX Edit / Insert (Clipboard) through lines.
3. Quito los espacios en blanco del final de línea desde el menú: TextFX Edit / Trim Trailing Spaces.
4. En el submenú TextFX Tools, marco las opciones +Sort ascending y +Sort outputs only UNIQUE (at column) lines y ordeno con Sort lines case sensitive (at column).

Ejercicio para el lector: ¿cómo se podría solucionar esta misma situación usando herramientas estándar de la línea de comandos en Linux?